自一九八六年八月十七日 證嚴上人於花蓮成立慈濟醫院後本科就正式成立。在社會各方的支持下，這一粒以「人本醫療、尊重生命」為中心的種子，已傳到了關山、玉里、大林及台北新店， 現在這一粒種子終於來到了台中潭子！本科將秉持 證嚴上人「守護生命、守護健康、守護愛」的精神為中部病患提供最好的醫療服務。

一般外科所指的就是肝膽胃腸外科，亦包含了甲狀腺外科及乳房外科。由於目前潭子分院的床數共有二百六十床，所以本科將以兩階段來發展。第一階段是以高於區域醫院的醫療服務為目標，而第二階段則是朝向醫學中心及國際化的醫療服務為目標。

目前（第一階段）本科所能提供的醫療服務，包括：
胃癌；胃腫瘤；胃、十二指腸潰瘍及其合併症；十二指腸癌；十二指腸腫瘤；其他胃十二指腸疾病。
肝癌；肝腫瘤；膽結石、膽管結石、肝內結石；膽囊癌；膽管癌；膽管囊腫；胰臟癌；法特氏壼腹癌；胰臟腫瘤；其他肝、胰、膽疾病。
甲狀腺結節；甲狀腺良性腫瘤、囊腫；甲狀腺功能亢進；副甲狀腺腫瘤 ；副甲狀腺功能亢進；其他甲狀腺、副甲狀腺疾病。
乳癌；乳房腫塊；乳房良性瘤、纖維囊腫；其他乳房疾病。
腹痛；急性闌尾炎；腸阻塞；缺血性腸症；崁入性疝氣；急性膽囊炎； 胃十二指腸穿孔、出血、阻塞；腹膜炎；其他腹部急症。
鼠蹊疝氣；股疝氣；臍疝氣；腹疝氣；其他疝氣。
脂肪瘤；皮下腫塊；皮脂腺囊腫；其他皮膚腫瘤；周邊血管。
各式腹腔鏡手術。
笫二階段所能提供的服務，將包括：
腎臟移植手術；肝臟移植手術；胰臟移植手術及微創手術中心。