自杜詩棉院長為花蓮慈濟醫院首任院長之時，即成立慈濟耳鼻喉科，延聘台大優秀醫師駐診與教學，台中慈院耳鼻喉暨頭頸外科部延續優良傳統，自開院始，即延攬台大與慈濟優秀醫師，成立耳鼻喉科，在歷任科主任鄭元凱、徐莉萍經營之下，自2010年起由吳弘斌醫師擔任部長，逐漸在中部地區札根，目前部內有12名主治醫師，各有專精。

本部除了一般耳鼻喉科疾病的診療，諸如鼻塞、打噴嚏、感冒流鼻水、耳鳴、重聽、眩暈、喉嚨痛、聲音沙啞等常見疾病之外，主要發展的特色為:

1. 聽語及人工耳蝸中心：
成立中部地區最大的聽語及人工耳蝸中心，處理各種程度聽障、語障患者的能力，從新生兒聽力的篩檢，助聽器的選配，聽能創建與復健，人工電子耳術前的評估，社會資源的尋求，電子耳、植入型助聽器手術的進行，術後的聽語復健；對於聽力退化的幼兒到老年人，提供重新聽到聲音的協助；對於語言機能障礙、吞嚥功能受損之成人朋友都能完整地進行復建，達成全人的醫療，並以”全心、全程、全人的人工耳蝸照護”，獲得國家品質標章(SNQ)肯定。

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2.頭頸部癌症團隊

近年來，癌症一直是國人頭號殺手，其中口腔癌, 口咽癌及下咽癌之發生率更是逐年上升。根據統計，民國96年國內口腔癌(含口咽和下咽癌)已經升為男性十大癌症死因第四名。本科致力於頭頸癌之診療，成立頭頸癌治療團隊，期能對頭頸癌病患提供最佳之醫療服務，並成為頭頸癌治療中心。團隊成員亦包括化療與電療專業醫師，共同提供癌症病患全人照顧，每一年口腔癌症篩檢均獲國健局頒獎肯定。

3.鼻竇內視鏡和顱底手術
鼻竇炎及鼻息肉等鼻病的困擾，經常影響生活品質。本部引進鼻腔鼻竇內視鏡檢查及手術用影像擷取系統組以及鼻竇、咽喉手術用微創絞除器 (microdebrider)以建立優良微創手術系統，使手術病人得到最好之結果。並和神經外科醫師合作，利用導航影像系統，進行經鼻顱底腫瘤手術。使病人能夠以侵襲性小的方式完成手術，減少手術後的痛苦。

4. 打鼾與阻塞性睡眠呼吸中止症治
隨著國人對於健康觀念日益重視，阻塞性睡眠呼吸中止症候群的疾病也漸漸受到注意。阻塞性睡眠呼吸中止症候群主要是因上呼吸道的阻塞，導致呼吸中止，進而導致體內低血氧。打鼾則是睡眠呼吸中止症候全的主要症狀。長期性睡眠呼吸中止可能導致日後心血管疾病危險性增加。本部與睡眠中心合作，提供民眾關於打鼾及呼吸睡眠中止症候群的檢查、諮詢以及手術治療。

5.耳咽管障礙診斷與治療

耳咽管連通鼻咽部與中耳腔，為平衡中耳腔室壓力重要構造，本部率國內之先，引進耳咽管氣球擴張術，改善阻塞型耳咽管功能異常，並建立國人耳咽管功能量表，作為診斷之依據。

手術項目：
1. 【耳科】：耳科顯微手術（中耳炎、珍珠瘤），耳膜修補手術，人工聽小骨重建手，微創人工電子耳植入手術，各式植入式助聽器手術，顏面神經減壓手術，各式內耳手術，雷射耳咽管成型術，耳咽管氣球擴張術，外耳成型術。

2. 【鼻科】：鼻塞、過敏性鼻炎、鼻竇炎診斷治療，慢性鼻炎、鼻中膈彎曲治療手術，鼻整型手術，鼻骨彎曲矯正手術，鼻竇內視鏡手術，各式鼻竇切開術，前後鼻孔成型手術，內視鏡顱底手術，各式鼻雷射、射頻手術，側鼻切開手術。

3. 【喉科】：音聲沙啞、聲帶息肉長繭、發聲困難、聲帶麻痺、語言發展遲緩診斷與治療，各式喉顯微與雷射手術、聲帶嗓音美容手術；打鼾睡眠呼吸中止症之診斷與治療，包含懸雍垂顎咽成型術，各式口咽射頻手術，扁桃腺切除手術，各式口咽雷射手術、舌根縮減手術，氣切手術，氣切造口手術，喉氣管重建手術，食道與咽喉部內視鏡移除手術。

4. 【頭頸部外科手術】（包括癌症及其它疾患）：口腔癌、鼻咽癌、喉癌、口咽癌、下咽癌的診斷化療與複合切除手術，甲狀腺腫瘤，經口甲狀腺手術，唾液腺(腮腺、下頷腺)腫瘤，顏面腫瘤治療手術，深頸部膿瘍手術，頸部淋巴廓清手術。

5. 【小兒耳鼻喉科】：急性中耳炎、慢性中耳炎診斷與治療，中耳通氣管植入手術，腺樣體切除手術，各式耳鼻喉異物取出手術，扁桃腺摘除手術，過敏性鼻炎、鼻竇炎診斷與治療，肥厚性下鼻甲雷射及射頻手術